"ISP (ICSP) программатор из Arduino" - читать интересную книгу автора (freeduino.ru/arduino/isp.html)

Прочие замечания

В процессе работы с программатором было замечено, что иногда процесс прошивки не начинается, и avrdude завершается с ошибкой. В таких случаях нам помогал сброс программатора кнопкой Reset и повторная прошивка.

Архив с ПО также содержит файл sample.bat, в котором кроме bootloader’а программируются fuse и lock биты.

В Сети есть страничка с разведенной платой такого программатора, включающей дополнительные отладочные светодиоды: http://drug123.org.ua/mega-isp-shield/