Мы уже упоминали о том, что во второй половине XVII в. и особенно на грани XVII–XVIII вв. в системе центральных государственных учреждений происходили частичные изменения. Часть центральных приказов, общее число которых приближалось к 70, сливалась в более крупные образования, часть же создавалась заново. Изменения эти касались прежде всего группы приказов военно-оборонительного профиля и территориально-региональных приказов. Так, слились с Посольским приказом Приказ Великой России, Малороссийский приказ, Приказ Великого княжества Смоленского и так называемые четверти: Новгородская, Галицкая, Владимирская и Устюжская. С Приказом Большого дворца слились Конюшенный приказ, Дворцовый судный приказ и Приказ каменных дел. Создание Бурмистерской палаты (с 1 сентября 1699 г. она стала называться Ратушей) и придание ей функций центрального финансового учреждения привело к окончательной ликвидации областных финансовых органов (четвертей) и изъятию финансовых операций из сферы действия нового объединенного Посольского приказа, а также Разрядного приказа, приказов Большогодворца и Казанского дворца. Вместе с тем финансовые функции все еще оставались у Приказа Большой казны и др. К 1708 г. Ратуша собирала около половины всех доходов казны.
Надо отметить, что изменения в центральных органах до 1712–1715 гг. носили спонтанный характер и далеко не всегда давали необходимый результат. Это объясняется тем, что все силы и внимание самодержца занимала тяжелейшая война. Так, созданный для управления «потешными полками» Преображенский приказ лишь постепенно, под влиянием событий превратился в главный орган политического сыска. Так или иначе в связи с войной появились Адмиралтейский и Военный приказы, Приказ рудокопных дел и т. д.
Первой попыткой кардинальных административных реформ была губернская реформа 1708–1710 гг. Страна была разделена на 8 губерний, далеко не одинаковых по размеру территорий (Петербургская, Архангелогородская, Смоленская, Московская, Казанская, Киевская, Азовская и Сибирская). Во главе губерний стояли генерал-губернаторы (в Петербургской — А. Д. Меншиков, в Азовской — Ф. М. Апраксин) и губернаторы (в Московской — Т. Н. Стрешнев, в Смоленской — П. С. Салтыков, в Киевской — Д. М. Голицын и т. д.). Разумеется, на должностях губернаторов были особо доверенные лица из окружения царя. Глава губернии, сосредоточивший в своих руках высшие военные и гражданские функции, имел помощника (вице-губернатора), обер-коменданта, ведавшего военными делами, обер-комиссара и обер-провиантмейстера (в их руках были денежные и хлебные сборы), а также так называемого ландрихтера, в руках которого было правосудие. Губернии первоначально делились на «уезды» с «комендантом» (т. е., по-старому, воеводой) во главе. Однако губернская канцелярия явно не справлялась с множеством уездов, и поэтому вскоре введена была новая, как бы промежуточная административная единица, «провинция», во главе с обер-комендантом. В 1713–1714 гг. появилось еще 3 губернии (Нижегородская, Астраханская и Рижская). С 1712 г. губернии стали делиться на провинции, а с 1715 г. провинции делились уже не на уезды, а на «доли» во главе с ландратом (в каждой доле должно было быть по 5536 дворов). Ландрат был лицом выборным от дворян, хотя всецело подчинялся высшей инстанции. Спустя некоторое время вместо «доль» появились «дистрикты», в каждом из которых теперь должно было быть 2 тыс. дворов. Заметим, что при проверке итогов первой ревизии военной администрацией появился еще один дистрикт — полковой, где размещался тот или иной полк, на содержание которого шли налоги данного дистрикта.
В провинции основными административными звеньями были комендант, камерир, организующий сбор налогов, и рентмей-стер, возглавлявший местное казначейство (рентерею). В провинции были также канцелярии рекрутских дел, розыскных дел, таможенная изба, канцелярия вальдмейстера (по охране лесов) и др. В дистриктах земские комиссары в первую очередь отвечали за сбор налогов и выполняли полицейские функции, разыскивали беглых солдат и крестьян, боролись с преступниками, чинили дороги, мосты и т. п.